Indonesia Blue Economy Center (IBEC) memiliki 9 Program Unggulan, yaitu:
- Pengembangan kurikulum pendidikan manajemen bisnis ekonomi biru di STIE Indonesia Jakarta
- Kerjasama program S2 Manajemen Bisnis Ekonomi Biru
- Kerjasama program S3 Bisnis Ekonomi Biru (PhD in Ocean Business dan DBA in Blue Economy Business)
- Konsultasi Bisnis Ekonomi Biru (Consultansea)
- Maritime Technopreneurs Incubator (Maritechtor)
- Pelatihan dan Sertifikasi Profesi dan Kompetensi Kemaritiman
- Marine Conservation and Education Project (Marication Pro)
- Kajian Strategis Kebijakan Kelautan dan Ekonomi Biru
- Magang untuk Mahasiswa Tingkat Akhir dan Lulusan Baru (InternSea)